Deux raisons peuvent expliquer le retrait par l’Etat d’un agrément JEP octroyé à une association :
- Lorsque l’association agréée ne justifie plus du respect des conditions et critères de l’agrément JEP, ou lorsqu’elle développe une activité n’étant plus conforme à son objet ;
- Pour tout motif grave, notamment pour tout fait contraire à l’ordre public.
L’association, fédération ou union doit être informée des motifs susceptibles de fonder le retrait et mise en mesure de présenter ses observations. Pour les agréments nationaux, un retrait d’agrément doit être soumis à l’avis de la Formation spécialisée Agrément JEP. Le retrait d’un agrément national est formulé par une décision du ministre de l’Education nationale. Le retrait d’un agrément départemental est formulé par le DSDEN du département concerné.
En cas d’urgence, l’agrément peut être suspendu par l’autorité qui l’a attribué. Cette suspension ne peut excéder une durée de six mois.